Un contrat de milieu (généralement contrat de rivière, mais également de lac, de baie ou de nappe) est un accord technique et financier entre partenaires concernés pour une gestion globale, concertée et durable à l'échelle d'une unité hydrographique cohérente. Avec le SAGE, le contrat de milieu est un outil pertinent pour la mise en œuvre des SDAGE et des programmes de mesures approuvés en 2009 pour prendre en compte les objectifs et dispositions de la directive cadre sur l'eau. Il peut être une déclinaison opérationnelle d'un SAGE. C'est un programme d'actions volontaire et concerté sur 5 ans avec engagement financier contractuel (désignation des maîtres d'ouvrage, du mode de financement, des échéances des travaux, etc.). Ces contrats sont signés entre les partenaires concernés : préfet(s) de département(s), agence de l'eau et les collectivités locales (conseil général, conseil régional, communes, syndicats intercommunaux, ...). Le comité de rivière (ou de baie) est institué par arrêté préfectoral pour piloter l'élaboration du contrat qu'il anime et qu'il suit. La circulaire du 30 janvier 2004 précise les conditions de sa constitution et de son fonctionnement.

Les « bassins versant anguille » pris en compte comme unités de gestion anguille (UGA) sur les territoires ont été déterminés selon des critères validés par le Comité de Gestion des Poissons Migrateurs compétent sur ces territoires. Les efforts de gestion mis en place sur ces zones contribueront à augmenter la part de population d’anguilles dévalantes.

Un Classement de Continuité Ecologique correspond à tout ou partie d'un cours ou d'un canal identifié dans un arrêté pris par le préfet coordonnateur de bassin en application de l'article L.214-17 du code l'environnement. Le classement en liste 1 (1° du § I de l'article L. 214-17 du code de l’environnement) a pour vocation de protéger certains cours d’eau des dégradations et permet d’afficher un objectif de préservation à long terme. Ils annulent, remplacent, et complètent le classement en « rivières réservées » au titre de la loi de 1919. La liste 2 (2° du §1 de l'article L. 214-17 du code de l’environnement), annule, replace et complète la notion de « rivières classées » au titre du L. 432-6 du code de l’environnement, doit permettre d’assurer rapidement la compatibilité des ouvrages existants avec les objectifs de continuité écologique. Le Classement de Continuité Ecologique contribue entre autres à la trame bleue. Le texte réglementaire fondateur d'un Classement de Continuité Ecologique est l'arrêté de classement signé par le préfet coordonnateur de bassin selon la procédure définie par l'article R.214-10 du code de l'environnement prévoyant une concertation départementale des projets de classement avant validation par le préfet coordonnateur de bassin. Après concertation au niveau départemental, le préfet de département transmet au comité de bassin un avant projet de Listes L.214-17-I pour avis consultatif en vue du classement au titre du L.214-17-I. Une fois l'avis du comité de bassin recueilli, le préfet coordonnateur de bassin décide de procéder ou non au classement. Le Classement de Continuité Ecologique correspond à l'information mentionnée dans les arrêtés de classement. Un Segment de Classement de Continuité Ecologique correspond au plus petit niveau de composition des Classements de Continuité Ecologique. Il permet le lien vers le référentiel hydrographique national. La limite à la mer est la limite transverse de la mer.